Gerakan Aceh Merdeka atau GAM
Sebuah organisasi yang memiliki tujuan supaya daerah Aceh atau yang sekarang secara resmi disebut Nanggroe Aceh Darussalam lepas dari Negara Kesatuan Republik Indonesia. Konflik Dantara kedua pihak yang diakibatkan perbedaan keinginan ini telah berlangsung sejak tahun 1976 dan menyebabkan jatuhnya sekitar 15.000 korban jiwa. Gerakan ini juga dikenal dengan nama Aceh Sumatra National Liberation Front (ASNLF).

GAM dipimpin oleh Hasan di Tiro yang sekarang bermukim di Swedia dan berkewarganegaraan Swedia. Pada 27 Februari 2005, pihak GAM dan pemerintah Indonesia memulai tahap perundingan di Vantaa, Finlandia. Mantan presiden Finlandia Martti Ahtisaari berperan sebagai fasilitator.

Pada 17 Juli 2005, setelah perundingan selama 25 hari, tim perunding Indonesia berhasil mencapai kesepakatan damai dengan GAM di Vantaa, Helsinki, Finlandia. Penandatanganan nota kesepakatan damai dilangsungkan pada 15 Agustus 2005. Proses perdamaian selanjutnya dipantau oleh sebuah tim yang bernama Aceh Monitoring Mission (AMM) yang beranggotakan lima negara ASEAN dan beberapa negara yang tergabung dalam Uni Eropa. Di antara poin pentingnya adalah bahwa pemerintah Indonesia akan turut memfasilitasi pembentukan partai politik lokal di Aceh dan pemberian amnesti bagi anggota GAM.

Seluruh senjata GAM yang mencapai 840 pucuk selesai diserahkan kepada AMM pada 19 Desember 2005. Kemudian pada 27 Desember, GAM melalui juru bicara militernya, Sofyan Daud, menyatakan bahwa sayap militer mereka telah dibubarkan secara formal.

Forum Komunikasi Masyarakat Sunda Nusantara (FKMSN)
Gerakan yang dituduh makar terhadap Negara Kesatuan Republik Indonesia. Kelompoknya tidak mengakui kedaulatan Pemerintah Republik Indonesia, Pancasila, bendera, bahasa, lagu kebangsaan Indonesia Raya, dan UUD 1945. Ketua Umum FKMSN adalah Ahmad Suja’i, yang berasal dari Bogor. FKMSN mengklaim bahwa Sunda Nusantara sudah berdiri pada tahun 130 Masehi dengan pusat kerajaan di Ujung Kulon dan wilayah kekuasaannya mencakup seluruh Asia Tenggara. Tentu saja klaim ini tidak dapat dibuktikan kebenarannya.

Pada bulan Mei 2006, kelompok ini telah ditangani oleh Polri, dan sejumlah anggotanya ditangkap.Negara Islam Indonesia (disingkat NII; juga dikenal dengan nama Darul Islam atau DI) Darul Islam artinya Rumah Islam, adalah gerakan politik yang diproklamasikan pada 7 Agustus 1949 (12 Sjawal 1368) oleh Sekarmadji Maridjan Kartosoewirjo di di desa Cisampah, kecamatan Ciawiligar, kawedanan Cisayong Tasikmalaya, Jawa Barat.

Gerakan ini bertujuan menjadikan Indonesia sebagai negara teokrasi dengan agama Islam sebagai dasar negara. Dalam proklamasinya bahwa “Hukum yang berlaku dalam Negara Islam Indonesia adalah Hukum Islam”, lebih jelas lagi dalam undang-undangnya dinyatakan bahwa “Negara berdasarkan Islam” dan “Hukum yang tertinggi adalah Al Quran dan Hadits”. Proklamasi Negara Islam Indonesia dengan tegas menyatakan kewajiban negara untuk memproduk undang-undang yang berlandaskan syari’at Islam.

Dalam perkembangannya, DI menyebarkan hingga di beberapa wilayah, di antaranya DI/TII Jawa Barat, DI/TII Jawa Tengah, DI/TII Sulawesi Selatan, DI/TII Kalimantan Selatan, dan DI/TII Aceh.

Setelah Kartosoewirjo ditangkap TNI dan dieksekusi pada 1962, gerakan ini menjadi terpecah, namun tetap eksis secara diam-diam meskipun dianggap sebagai organisasi ilegal oleh pemerintah Indonesia.

Organisasi Papua Merdeka (OPM)
Sebuah gerakan nasionalis yang didirikan tahun 1965 yang bertujuan untuk mewujudkan kemerdekaan bagian barat pulau Papua (yang lazim disebut Papua Barat) dari pemerintahan Indonesia. Sebelum era reformasi, provinsi yang sekarang terdiri atas Papua dan Irian Jaya Barat ini dipanggil dengan nama Irian Jaya.

Pada tanggal 1 Juli 1971, Oom Nicolas Jouwe dan dua komandan OPM yang lain, Seth Jafeth Raemkorem dan Jacob Hendrik Prai menaikkan bendera Bintang Fajar dan memproklamasikan berdirinya Republik Papua Barat. Namun republik ini berumur pendek karena segera ditumpas oleh militer Indonesia di bawah perintah Presiden Soeharto.

Tahun 1982 Dewan Revolusioner OPM didirikan dimana tujuan dewan tersebut adalah menggalang dukungan masyarakat internasional untuk mendukung kemerdekaan wilayah tersebut. Mereka mencari dukungan antara lain melalui PBB, GNB, Forum Pasifik Selatan, dan ASEAN.